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Les femelles de baleines franches australes atteignent leur maturité sexuelle à cinq ou six ans. L’appareillement de la baleine franche australe, ou le cour se déroule avec plusieurs mâles et une femelle courtisée, qui est entouré sur les côtés de 2,3 ou plus des mâles.

L’appareillement de la baleine peut durer plus d’une journée. La femelle, pour éviter d’être copulée s’est place le ventre vers la surface de l’eau, elle peut tenir cette position pendant quelques minutes, mais elle a besoin de respirer. Un tactique développé par les mâles est de soutenir le ventre sur le dos de la femelle, tandis que d’autres gardent leurs positions sur les côtés. Lorsque la femelle tourne pour respirer, les mâles se poussent jusqu’à ce que l’un d’eux parvienne à copuler. D’autres fois, on aperçoit depuis les bateaux touristiques d’observation à Puerto Piramides, comment les mâles, le ventre en l’air trouvent avec leur pénis le vagin de la femelle. Il faut dire que le pénis est d’environ 2 mètres de long et le mâle a le contrôle complet des mouvements, car il est comme la trompe d’un éléphant.

 Si le mâle est capable de mettre son muscle sexuel de quelques centimètres, peut exercer une force assez puissante pour tourner la femelle, qui flotte, vers lui et faciliter l’union sexuelle. La copulation dure pas plus de 30 secondes, mais l’activité de cour peut s’étendre sur plusieurs heures et généralement arrivent à copuler presque tous les mâles, mais un seul parvient à féconder. Selon la recherche fournie par la Fondation Patagonie Naturel, le taux de reproduction est un baleineau tous les trois ans, sachant que la grossesse se déroule dans une période approximative de 12 mois, plus un an de l’allaitement maternel et de nouveau un an de gestation, donne un minimum de trois ans pour le prochain baleineau, ayant seulement un à la fois.