Op 28 juli 1865 trad een groep van 150 Welsh-immigranten af van het zeilschip ¨ Mimosa¨ aan de oevers van wat nu Puerto Madryn is. Dit is de datum die nu wordt begrepen als de stichting van de stad, en de naam ervan, ter ere van Loves Jones Parry, de baron van Madryn in die tijd in Walvissen. De kalm beschermde wateren van de Golfo Nuevo kwamen als uitnodiging voor de naamgeving van deze havenstad. Als belangrijkste handelshaven voor de regio was Puerto Madryn de thuisbasis van het centrale treinstation van Chubut van 1890 tot 1961, waardoor dit kleine havenstadje een kosmopolitische stad werd met onvermijdelijke plannen voor toekomstige groei. De stad groeide voornamelijk rond de activiteiten van de haven en het treinstation, evenals enkele handel en diensten.
Nationale en internationale politiek hebben de systematische groei van het gebied gecompliceerd. Terwijl sommige aspecten de vestiging van fabrieken begunstigden, brachten anderen een einde aan regionaal transport en communicatie, zoals het geval was met spoorwegdiensten. Vandaag de dag veranderd in Historisch Museum, toont het station een staaltje van een niet zo lang verleden.
In de jaren ’60 vestigden verschillende textielindustrieën zich in Puerto Madryn vanwege bepaalde belastingvrijstellingen, maar enkele jaren later sloten ze allemaal af, wat leidde tot een afname van de lokale bevolking, veel mensen verdwenen door een gebrek aan werk.
In de jaren ’70 was de stedelijke structuur van Puerto Madryn niet veranderd, maar alle spoorweginstallaties waren verlaten. De activiteiten die deze havenstad hadden bevallen, waren praktisch opgehouden te functioneren, waardoor er een gat overblijft dat niet lang zou duren om te vullen. Een nieuwe industrie was net om de hoek en het beloofde werk voor de hele stad.
Met de komst van Aluar en zijn aluminiumproductiebedrijf, samen met zijn nieuwe pier en industriële haven in de jaren ’70, was er een explosieve toename van de bevolking. In minder dan 10 jaar tijd verdrong de bevolking van Puerto Madryn. Andere industrieën deden mee aan de uitbreiding en creëerden nog meer groei met gezinnen die vanuit elke hoek van het land aankwamen.
Aan de andere kant kreeg de provincie Chubut een nieuwe tendens met betrekking tot milieubescherming en het begin van een nieuwe beroepsbevolking op het gebied van ecotoerisme. Dankzij een groep mensen die de unieke aard van de regio als een beschermingsbron zag, werd Chubut een pionierende provincie op het gebied van natuurreservaten. In de loop van een paar jaar kregen verschillende sleutelregio’s de status van beschermde of ontastbare gebieden.
Op 29 september 1967 werd het natuurreservaat Punta Loma opgericht. Dit was het eerste natuurreservaat dat in Chubut werd gevestigd en op slechts 17 km van Puerto Madryn. De twee observatieplatformen maken de onopvallende observatie van zeeleeuwen mogelijk.