Esta reserva fue creada en 1967, gracias a un grupo de personas que veían en la reserva de fauna y naturaleza, un recurso a preservar en Chubut, provincia pionera en Argentina en cuestión de reservas naturales. En aquellos años se fueron creando en distintos lugares claves de la Provincia del Chubut, Reservas que son un baluarte de las áreas intangibles y la Isla de Los Pájaros al ser un lugar donde una increíble diversidad de aves se encuentran en primavera, era una de ellas. Gracias a esa visionaria proyección, fue favorecida en el cuidado de su biodiversidad, manteniéndose protegida del saqueo y vandalismo.
Antiguamente, cuentan los que aquí vivian y algunos personajes que frecuentan desde hace décadas la Península Valdés, que “cualquiera podía entrar caminando a la isla, sin que nadie le dijera nada. El tema es que algunos visitantes inquietos, cambiaban los huevos de nidos, o simplemente se los llevaba para hacer tortilla… o se ponían al los tiros y cazaban todo lo que volaba”.
Hoy en día está vedado el ingreso hasta la Isla de los Pájaros, solo se puede ver desde la costa. Con respecto al hecho de entrar caminando a la Isla de los Pájaros.