Em 28 de julho de 1865, um grupo de 150 imigrantes galeses desceu do veleiro Mimosa, às margens do que hoje é Puerto Madryn. Esta é a data agora entendida como a fundação da cidade, e seu nome, em homenagem a Loves Jones Parry, o Barão de Madryn na época em Baleias. As águas calmas e protegidas do Golfo Nuevo vieram como o convite para a nomeação desta cidade portuária. Sendo o principal porto de comércio para a região, Puerto Madryn foi o lar da estação ferroviária central de Chubut de 1890 a 1961, convertendo esta pequena cidade portuária em uma cidade cosmopolita com planos inevitáveis de crescimento futuro. A cidade cresceu principalmente em torno das atividades do porto e da estação de trem, além de alguns serviços e comércio.
A política nacional e internacional complicou o crescimento sistemático da área. Embora alguns aspectos favorecessem o estabelecimento de fábricas, outros provocaram o fim do transporte e da comunicação regionais, como foi o caso do serviço ferroviário. Hoje transformada em Museu Histórico, a estação ferroviária mostra uma amostra de um passado não tão distante.
Nos anos 60, várias indústrias têxteis se estabeleceram em Puerto Madryn devido a certas isenções fiscais, embora vários anos depois elas tenham fechado, produzindo uma diminuição na população local, muitas se afastando devido à falta de trabalho.
Nos anos 70, a estrutura urbana de Puerto Madryn não mudou, mas todas as instalações ferroviárias foram abandonadas. As atividades que deram origem a essa cidade portuária praticamente deixaram de funcionar, deixando uma lacuna que não demoraria muito para preencher. Uma nova indústria estava ao virar da esquina e prometia trabalho para toda a cidade.
Com a chegada de Aluar e sua planta de produção de alumínio, juntamente com seu novo cais e porto industrial na década de 70, houve um aumento explosivo da população. Em menos de 10 anos, a população de Puerto Madryn foi triplicada. Outras indústrias se juntaram à expansão, criando ainda mais crescimento com as famílias que chegam de todos os cantos do país.
Por outro lado, uma nova tendência estava tomando forma na província de Chubut com relação à proteção ambiental e ao início de uma nova força de trabalho na área de ecoturismo. Graças a um grupo de pessoas que viu a natureza única da região como um recurso digno de proteção, Chubut se tornou uma província pioneira na área de reservas naturais. Ao longo de alguns anos, várias regiões importantes receberam o status de áreas protegidas ou intangíveis.
Em 29 de setembro de 1967, a Reserva Natural em Punta Loma foi estabelecida. Esta foi a primeira reserva natural a ser estabelecida em Chubut e a apenas 17 km de Puerto Madryn, suas duas plataformas de observação permitem a observação discreta dos leões marinhos.