La Ballena Franca Austral sufrió la industrialización de los recursos naturales por parte del hombre. Por cientos de años se cazaron ballenas, lobos marinos y otras tantas especies animales, con el fin de utilizar sus grasas, disolverla hasta lograr el aceite para fabricar velas y colocar en los faroles que iluminaron las calles y casas de Europa y de los diferentes Virreinatos y Colonias de todos los continentes.
También fueron usados en frívolos productos de cosmética. Sus barbas elementos que la ballena franca y otros misticétos, usan en el proceso de filtrado del krill, eran procesadas para fabricar paraguas, corsets y otros productos de consumo masivo.
Se estima que antes de la caza comercial de ballenas existían mas de 50.000 ejemplares de Ballena Franca Austral. Con el descubrimiento del petróleo, el gas y la electricidad, estos enormes mamíferos marinos fueron poco a poco dejando de ser indispensables para la industria. Muchas especies no llegaron a sobrevivir a la voracidad del mercado de consumo, una de ellas fue la Ballena Vasca, una especie de ballena que habitaba en el Mar Cantábrico, en el norte de España, similar a la ballena franca austral.
En 1937, cuando solo quedaban unos cientos de ejemplares, con la firma del Acuerdo Internacional para la Regulación de la Cacería de Ballenas, se le otorgó a la Ballena Franca Austral protección total. Desde entonces, la recuperación de la especie ha sido lenta pero sostenida. En 1984 se la declaró Monumento Natural Nacional en la República Argentina.