Am 28. Juli 1865 stieg eine Gruppe von 150 walisischen Einwanderern vom Segelschiff „Mimosa“ am Ufer des heutigen Puerto Madryn ab. Dies ist das Datum, das heute als Gründung der Stadt verstanden wird, und sein Name ist eine Hommage an Loves Jones Parry, den damaligen Baron von Madryn in Whales. Das ruhige, geschützte Wasser des Golfo Nuevo war die Einladung zur Benennung dieser Hafenstadt. Von 1890 bis 1961 war Puerto Madryn der wichtigste Handelshafen der Region. Hier befand sich der Hauptbahnhof von Chubut, der diese kleine Hafenstadt in eine kosmopolitische Stadt mit unvermeidlichen Plänen für künftiges Wachstum verwandelte. Die Stadt wuchs hauptsächlich um die Aktivitäten des Hafens und des Bahnhofs sowie um einige Geschäfte und Dienstleistungen.
Nationale und internationale Politik haben das systematische Wachstum der Region erschwert. Während einige Aspekte die Errichtung von Fabriken begünstigten, führten andere zu einem Ende des regionalen Verkehrs und der Kommunikation, wie dies beim Eisenbahnverkehr der Fall war. Der heute zum Historischen Museum umgebaute Bahnhof zeigt ein Beispiel einer nicht allzu fernen Vergangenheit.
In den 60er Jahren ließen sich einige Textilindustrien aufgrund bestimmter Steuerbefreiungen in Madryn nieder, doch einige Jahre später schlossen sie alle, was zu einem Rückgang der lokalen Bevölkerung führte, von denen viele aus Mangel an Arbeitsplätzen wegzogen
In den 70er Jahren hatte sich die Stadtstruktur von Puerto Madryn nicht verändert, aber alle Eisenbahnanlagen wurden aufgegeben. Die Aktivitäten, die diese Hafenstadt hervorgebracht hatten, hatten praktisch aufgehört zu funktionieren und eine Lücke hinterlassen, die nicht lange dauern würde, um sie zu füllen. Eine neue Branche stand vor der Tür und versprach Arbeit für die ganze Stadt.
Mit der Ankunft von Aluar und seiner Aluminiumfabrik sowie dem neuen Pier und Industriehafen in den 70er Jahren stieg die Bevölkerung explosionsartig an. Innerhalb von weniger als 10 Jahren verdreifachte sich die Einwohnerzahl von Puerto Madryn. Andere Branchen schlossen sich der Expansion an und sorgten mit Familien aus allen Teilen des Landes für noch mehr Wachstum.
Auf der anderen Seite zeichnete sich in der Provinz Chubut eine neue Tendenz hinsichtlich des Umweltschutzes und der Anfänge einer neuen Belegschaft im Bereich des Ökotourismus ab. Dank einer Gruppe von Menschen, die die einzigartige Natur der Region als schutzwürdige Ressource betrachteten, wurde Chubut zu einer Vorreiterprovinz im Bereich der Naturschutzgebiete. Innerhalb weniger Jahre erhielten mehrere Schlüsselregionen den Status von geschützten oder immateriellen Gebieten.
Am 29. September 1967 wurde das Naturschutzgebiet in Punta Loma gegründet. Dies war das erste Naturschutzgebiet in Chubut und nur 17 km von Puerto Madryn entfernt. Die beiden Aussichtsplattformen ermöglichen die unauffällige Beobachtung des Seelöwen.